面对生了两个男孩的情况下，如何与小三进行分离是一个复杂而敏感的问题。以下是一些建议，帮助你处理这个困境：

第一部分：面对现实和情绪的处理

1.面对现实：首先，你需要正视并接受自己与小三的关系存在问题。不要逃避或否认，而是勇敢地面对现实。这样可以帮助你更好地处理自己的情绪和思维。

2.处理情绪：你可能会感到愤怒、伤心、失望等复杂的情绪。你可以通过与亲友倾诉、写日记、参加心理咨询等方式来释放情绪，同时也要学会自我调节和情绪管理。

3.给自己时间：给自己一些时间来处理情绪和思考。不要急于做出决定，而是先让自己冷静下来，思考清楚自己的需求和期望。

第二部分：沟通和建立界限

1.坦诚沟通：与小三进行坦诚的沟通是非常重要的。你需要表达自己对这段关系的不满和伤害，明确告诉她你希望结束这段关系。尽量保持冷静和理性，避免情绪化的争吵和冲突。

2.设立界限：明确告诉小三你的决定，并设立一些界限，例如停止一切联系和交往。坚持自己的底线，不要被小三的哀求或威胁所动摇。

3.避免接触：尽量避免与小三的接触，包括电话、短信、社交媒体等。删除她的联系方式，并尽量避免出现在她的生活圈子中。

第三部分：重建自己和婚姻

1.自我成长：分离小三后，你需要重建自己的生活。关注自己的兴趣爱好，培养自己的能力和自信心。通过学习、工作、社交等方式，让自己变得更加独立和强大。

2.重建婚姻：与丈夫进行坦诚的沟通，表达自己对他的期望和需求。共同努力，重建婚姻的信任和稳定。参加夫妻关系的辅导和咨询，寻求专业的帮助。

3.家庭的重要性：重视家庭的重要性，为孩子们创造一个稳定和和谐的家庭环境。与丈夫共同承担起家庭的责任和义务，为孩子们树立良好的榜样。

需要明确的是，以上方法仅供参考，具体的处理方式应根据个人情况和婚姻状况来决定。最重要的是，你要保持坚强和勇敢，相信自己的能力和价值，为自己和孩子们争取幸福的未来。同时，也要记住，孩子们的幸福和健康是最重要的，尽量减少他们在这个过程中的伤害和影响。